A economia local é baseada na indústria pesqueira, que emprega cerca de 60% dos habitantes locais, sendo o terceiro maior centro pesqueiro da América Latina. Outro destaque é a construção naval, já que em Navegantes se encontra a mão de obra mais especializada do Brasil. A cidade possui um aeroporto internacional, o segundo maior do estado, com capacidade para até 600 mil passageiros ao ano e um moderno porto inaugurado em outubro de 2007, que trazem a cidade inúmeros turistas de lazer e negócios.
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